Mon maître de stage Geoffrey Chambers est un anglais expatrié en NZ, très sympathique qui m'a bien accueillie. Je vais travailler sur le sujet de thèse de Kosala Sirisena, un doctorant sri-lankais qui a un fort accent en anglais mais très gentil aussi !
Son sujet est l'étude de la diversité des micro-organismes présents dans les eaux souterraines de Nouvelle-Zélande. L'intérêt de son projet est qu'il n'y a pas encore de caractérisation du monde microbien présent dans les aquifères de NZ. La politique environnementale néo-zélandaise est assez orientée vers la conservation des écosystèmes et il est donc intéressant de connaître la composition biologique des eaux du sous-sol afin de voir son évolution temporelle et potentiellement de traquer les pollutions des nappes phréatiques. En effet, certaines villes de NZ comme Christchurch sont totalement dépendantes des eaux souterraines en tant que source d'eau potable.
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| Cycle de l'eau et pompage au niveau d'un puits |
Afin de caractériser ces micro-organismes, on utilise une approche génomique, c'est-à-dire que l'on va s'intéresser uniquement à l'ADN ou génome de ces bactéries et autres petites bêtes. Je vais l'aider à extraire l'ADN, l'amplifier (l'avoir en de nombreuses copies) et le séquencer (obtenir la séquence qui constitue la base moléculaire de l'ADN) dans le but de connaître les génomes présents et les comparer selon la provenance des échantillons.
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| On prélève l'eau, on extrait les bactéries et on séquence leur ADN ! |
Petit passage pour les biogeek : métagénomique, PCR, électrophorèse, T-RFLP et pyroséquençage pour études de la richesse spécifique, PCA et HCA pour corréler les résultats avec milieux physico-chimique.
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